دبیرخانه جشنواره جایزه ملی وجدان محیط زیست توسط یک انجمن مردم نهاد اداره شده و فاقد هرگونه بودجه دولتی و منابع درآمدی خاص می باشد.
دبیرخانه به جهت حفظ استقلال و داوری مستقل در ارزیابی عملکردهای زیست محیطی اشخاص حقیقی و حقوقی هیچ وجهی از دستگاههای دولتی و غیر دولتی فرابخشی حامی این جشنواره دریافت نمی نماید لذا در راستای هرچه باشکوه تر شدن جشنواره و تامین هزینه خرید جوایز و تندیس و پذیرایی و غیره برای برخی اشخاص نظیر ایثارگران و خانواده شهدای محیط زیست ، دانشجویان ، فعالان تشکلهای محیط زیست ، اعضای هیات علمی و نخبگان و بقیه اقشار جامعه که در راستای حفظ محیط زیست خدمات ارزنده ای انجام داده ولی به جهت برخی ملاحظات امکان پرداخت شهریه ثبت نام در جشنواره را ندارند هزینه انتخاب و تقدیر از آنها از محل حمایت خیرین و اسپانسری تامین میگردد و در عوض کمک های اسپانسری اشخاص تحت عنوان انجام مسئولیت اجتماعی زیست محیطی از کسب امتیاز ویژه در انتخاب برندگان در کنار سایر عملکرد زیست محیطی آنان برخوردار بوده و در فهرست یکی از سطوح برندگان جشنواره قرار می گیرند .